В институте готовят специалистов специальные или выпускные кафедры, структурно сведенные в 4 факультета:

• Командного (оперативно-тактического);

• Вооружения;

• Радиоэлектроники и штурманского вооружения;

• Корабельной энергетики.

Последипломная подготовка офицеров ВМС оперативно-тактического уровня проводится на командном факультете, в состав которого входят 3 кафедры:

• Оперативного искусства и тактики Военно-Морских Сил;

• Управления повседневной деятельностью сил флота;

• Боевое применение вооружения и технических средств.

Факультет вооружения в состав которого входят 3 кафедры:

• Ракетно-артиллерийского вооружения;

• Минно-трального и противолодочного вооружения;

• Боеприпасов.

Факультет радиоэлектроники и штурманского вооружения, в состав которого входят 4 кафедры:

• Радиотехнических средств и связи;

• Систем боевого управления;

• Кораблевождения и штурманского вооружения;

• Радиоэлектронного вооружения морской авиации.

Факультет корабельной энергетики, в состав которого входят 3 кафедры:

• Корабельной энергетики;

• Корабельной электроэнергетики и электротехники;

• Живучести корабля, водолазных и судоподъемных работ.

Помимо выпускающих кафедр подготовку специалистов сопровождают 9 общеинститутских кафедр:

• Украиноведения и мировой культуры;

• Иностранных языков;

• Математики;

• Механики;

• Информатики;

• Радиационной, химической и биологической защиты и экологической безопасности;

• Тактики и общевоинских дисциплин;

• Физической подготовки и спорта.